Molécule du Mois
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ADN hélicase pries à part les deux brins dans une double hélice d’ADN, alimenté par l’ATP
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notre information génétique est enfermée en toute sécurité à l’intérieur de la double hélice de L’ADN. Afin d’utiliser cette information, l’hélice doit être déroulée pour exposer les bases, permettant aux polymérases d’accéder pour construire des brins d’ADN ou D’ARN complémentaires. Le déroulement de L’ADN est plus délicat que prévu. L’interaction entre les bases est assez forte et il y en a beaucoup, beaucoup d’entre elles, il faut donc une énergie appréciable pour séparer les brins. C’est le travail des hélicases D’ADN: ce sont des enzymes qui séparent les deux brins d’une double hélice D’ADN.,
Hélicases réplicatives
l’hélicase représentée ici, à partir de L’entrée 4ESV de L’APB , sépare les brins D’ADN lors de la réplication d’un génome bactérien. Le chromosome est un cercle et la réplication commence à un point du cercle (appelé « origine ») et se poursuit dans les deux sens, se terminant du côté opposé. L’hélicase entoure une partie simple brin de l’ADN (représentée ici en orange) et se fraie un chemin le long du brin, séparant la double hélice au fur et à mesure. Il utilise ATP (montré en rouge) pour alimenter ce mouvement.,
ADN environnant
Les HÉLICASES D’ADN réplicatives font partie d’une grande classe de moteurs protéiques qui utilisent L’ATP pour pousser des protéines ou des acides nucléiques à travers un anneau de sous-unités protéiques. Ces enzymes se divisent généralement en deux catégories: les bactériennes sont similaires à RecA, une protéine impliquée dans la recombinaison génétique, et nos hélicases réplicatives sont des ATPases AAA+, similaires aux protéases AAA+. Dans les deux cas, le complexe forme un anneau de sous-unités qui entourent le seul brin d’ADN., L’hélicase réplicative représentée ici est composée de six sous-unités identiques qui forment un complexe en forme de lockwasher, les six sous-unités suivant l’hélice de l’ADN piégé à l’intérieur.
Fusion de l’ADN
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deux protéines aident les hélicases réplicatives cellulaires à démarrer tout le processus., Le premier, connu sous le nom d’initiateur, se lie à l’origine de la réplication et recrute l’hélicase à l’emplacement approprié. DnaA, la protéine initiatrice montrée ici (entrée PDB 3r8f ), catalyse également la séparation initiale des brins D’ADN. Il forme un long ensemble hélicoïdal de sous-unités et est censé effectuer deux tâches différentes. Initialement, la double hélice D’ADN s’enroule autour de l’extérieur, formant une structure superhelicale à côté d’une séquence spéciale dans l’origine qui est riche en paires AT-base, et est donc plus faiblement liée que la plupart des régions D’ADN., Ensuite, le DnaA se lie à la région riche en AT, aidant à faire fondre la double hélice en capturant et en étendant l’un des brins, comme on le voit dans cette structure.
Explorer la Structure
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- JSmol 1
Une deuxième protéine, une hélicase chargeur, aide l’initiateur et les accompagnateurs la réplication de l’ADN hélicase sur le même brin., La structure présentée ici (entrée PDB 4m4w ) comprend L’ADN hélicase (bleu), un chargeur d’hélicase (magenta) et un petit domaine de primase (Vert), l’enzyme qui construira l’amorce D’ARN court qui démarre la réplication. Cette structure à faible résolution a été résolue en utilisant des structures à résolution atomique des composants individuels, et montre un espace évocateur dans le cycle des sous-unités hélicase qui peut être le site d’entrée du seul brin d’ADN. Pour explorer cette structure plus en détail, cliquez sur l’image pour un Jmol interactif.,
sujets de Discussion
- plusieurs autres structures d’hélicases liées à L’ADN simple brin sont disponibles dans L’APB, y compris L’ADN bactérien hélicase Rep qui agit comme un dimère (entrée 1uaa).
- DnaA a un domaine qui se lie à L’ADN double brin, l’enveloppant autour de l’extérieur de l’assemblage DnaA. Une structure de ce domaine liée à L’ADN double brin est disponible dans L’entrée PDB 1j1v.,
- La structure du chargeur hélicase DnaC est remarquablement similaire à la structure du DnaA, formant une hélice similaire de sous-unités. Vous pouvez utiliser L’outil « comparer les Structures » pour chevaucher ces deux structures, dans les entrées PDB 3ecc et 3r8f.
ressources PDB-101 connexes
- En savoir plus sur L’hélicase de L’ADN
- parcourir la synthèse des protéines
- 4m4w: B. Liu, W. K. Eliason & A. T., Steitz (2013) la Structure d’une hélicase-hélicase chargeur complexe révèle des informations sur le mécanisme de bactéries primosome de l’assemblée. Nature Communications 4: 2495.
- 4esv: O. Itsathitphaisarn, R. A. Wing, W. K. Eliason, J. Wang& T. Steitz (2012) l’hélicase hexamérique DnaB adopte une conformation non plane lors de la translocation. Cellule 151, 267-277.
- P. Soultanas (2012), Les mécanismes de Chargement de l’anneau hélicases à des origines de réplication. Microbiologie Moléculaire 84, 6-16.
- 3r8f: K. E. Duderstadt ,K. Chuang & J. M., Berger (2011) l’étirement de l’ADN par les initiateurs bactériens favorise l’ouverture de l’origine de la réplication. La Nature 478, 209-213.
décembre 2013, David Goodsell
doi:10.2210/rcsb_pdb/mom_2013_12
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