Ligase Johdanto

biokemian, ligase, jota kutsutaan myös karbamyylifosfaattisyntetaasi, on entsyymi katalysoi yhdistää kaksi suurten molekyylien muodostamalla uusi kemiallinen sidos, kuten C-O, C-S, C-N, tai yhdistää yhteen kaksi yhdistettä, yleensä mukana hydrolyysi pieni kiinnitetty kemiallinen ryhmä yksi suurempia molekyylejä., Tämä menettely yleensä rinnastetaan tarvittavan energian pilkkominen runsaasti energiaa fosfaatti joukkovelkakirjojen, liittyy säilyttämistä kemiallista energiaa ja tarjoaa sidos energia-vaativat synteettisiä prosesseja ja energia-erittely saadaan reaktioita. Useimmissa tapauksissa ATP: n samanaikainen muuntuminen adenosiini-ADP: ksi toimii energianlähteenä., Ligase katalysoitu reaktio on yleinen muotoilu seuraavasti:

Nimikkeistön

yhteinen nimet ligases sisältävät usein sana ”ligase”, kuten DNA ligase, usein käytetty entsyymi molekyyli biolaboratory yhdistää DNA-fragmentit yhdessä. Syntetaasi on toinen ligaaseille yleisesti hyväksytty nimi, koska sitä käytetään uusien molekyylien synteesissä. Syntetaasit erotetaan joskus syntaaseista ja niitä käsitellään joskus syntaasien synonyyminä., Näkymä määritelmä, nukleosidi-trifosfaatit, kuten ATP, GTP, CTP, TTP, ja UTP, ovat työsuhteessa synthetases tuottaa energiaa, kun taas syntaasien älä käytä nukleosidi-trifosfaatit. A nopaliinisyntaasin on myös tunnustettu lyase, joka katalysoi pilkkominen eri kemiallisia sidoksia kautta tarkoittaa, lukuun ottamatta hydrolyysi-ja hapetus ilman kysyntä tahansa energiaa, kun taas syntetaasin on ligase liittyä kaksi kemikaaleja tai yhdisteitä, joiden energiantarve., Yhteisen Komission Biokemiallisia Nimikkeistön (JCBN) on saneltu, että nopaliinisyntaasin voi edustaa mitä tahansa entsyymi, joka katalysoi synteesi, kun syntetaasin on käytetty synonyyminä.

Luokitus

EY-numero luokitus järjestelmä, ligases ovat luokiteltu EY 6 ja voidaan edelleen jakaa kuuteen alaluokkaan.

Hakemukset Useita Yhteisiä Ligases

DNA ligase on erityinen tyyppi entsyymi, joka edistää liittyminen DNA-säikeet yhdessä katalysoi muodostumista phosphodiester sidos fosfaatti ja deoxyribose. DNA-ligaasi on aktiivinen DNA: n replikaatio -, korjaus-ja rekombinaatioprosessin aikana., Se on laajasti sovellettu korjaus yhden säikeen katkoksia duplex DNA elävien organismien käyttää täydentäviä strand kaksoiskierre mallina, vaikka jotkut muodot voivat erityisesti korjata double strand vahingoista. Molekyylibiologian laboratorioissa puhdistettua DNA-ligaasia käytetään laajasti geenien kloonauksessa DNA-molekyylien yhdistämiseksi yhteen muodostaen yhdistelmä-DNA: ta. Toinen innovatiivinen sovellus DNA ligase voidaan nähdä nano kemian alalla, erityisesti DNA-origami., DNA ligase voi tarjota entsymaattinen apua, että on välttämätöntä rakentaa DNA ristikko rakenne DNA yli jumittuu, mikä edelleen kokoaminen nanomittakaavan esineitä, kuten nanokoneiden, yleisölle, biomolekyylien, ja fotoniikan osa.

toinen tyypillinen esimerkki ligase, T4 RNA-ligaasia 1 pystyy katalysoi ATP-riippuvainen kovalenttinen liittyä yhden stranded 5′-phosphoryl terminin RNA on yhden pulaan 3′-hydroksyyli-termini RNA., T4 RNA-ligase 2 on ominaista kriittinen allekirjoitus jäämiä ja ainutlaatuinen C-terminaali verkkotunnuksen, joka on välttämätöntä tiivistys 3′-OH-ja 5′-phosphoryl RNA päättyy ja myös katalysoi liittyminen 3′-hydroksyyli loppuun-RNA: n 5′-fosforyloitu RNA. Toisin kuin T4 RNA-ligaasia 1, se suosii double-stranded-substraattien ja pre-adenylated substraatti on tarpeen ligaatio, jonka lyhennetty muoto T4 RNA-ligase 2. T4 RNA-ligase voi merkitä RNA: n 3′-loppuun sytidiinin 3′,5′-bis-fosfaatti, aiheuttaa circularization synteettiset oligonukleotidit, ja sivuston specificly luoda komposiitti alukkeita PCR., Erityisiä muutoksia tRNAs voi myös olla suoritettu puitteissa apua T4 RNA-ligaasia, joka myös katalysoivat ligaatio oligodeoxyribonucleotide single-stranded cDNAs 5′-KILPAILUSSA.

Ubikitiinipromoottori ligase, jota kutsutaan myös E3 ubikitiinipromoottori ligase, on entsyymi olemassa, koska yhden polypeptidi tai multimeric monimutkainen. E3 Ubikitiinipromoottori ligase voisi toimia yhdessä ubikitiinipromoottori aktivointi entsyymi E1 ja ubikitiinipromoottori taivuttaen E2-entsyymin, joka on ollut täynnä ubikitiinipromoottori, nopeuttaa ubiquitination eri proteiinien substraatteja kohdennettuja hajoamista proteasomi., Se ubikitiinipromoottori on viime kädessä kiinni lysiini alustaan proteiinia vaikka isopeptide bond ja E3 ligases voi vuorovaikutuksessa sekä kohde-proteiini-ja E2-entsyymiä, mikä antaen alustan spesifisyys E2-entsyymiä. Ubiquitination E3 ubiqutin ligases myös tärkeä rooli sääntelyn monia biologisia prosesseja, kuten solujen laiton kauppa, DNA korjaus, ja signalointi. Sillä on suuri merkitys solubiologiassa. E3-ligaasit ovat myös asemassa solusyklin säätelyssä ja sykliinien hajoamisessa., Ihmisen genomi koodaa yli 600 oletetun E3 ligases, jolloin valtava monimuotoisuus substraatteja, kun E3s voisi määrittää spesifisyys proteiinien substraatteja. Viimeaikainen tutkimus on todennut, että monet E3s ovat sekaantuneet ihmisten sairauksien ja he ovat luokan houkutteleva ”drugable” tavoitteet lääkealan interventio.

esittelytuotteet

Ligaasit